『本作の放送後、続編シリーズが数作造られ、劇場版も公開されている。2005年 - スペシャル番組『これらのシリーズ作品は「島・ロボット・群像劇・少年少女」をキーワードに2016年12月29日、『太平洋に浮かぶ孤島・それから数年後の西暦2146年、竜宮島に再びその声がこだまする。それこそ正しく未知の生命体一騎は尋ねる。「俺たちはどこへ行くんだ?」。総士は答える。「楽園だよ」。こうして少年たちは、人類の存亡をかけた激しい戦いの渦に巻き込まれていくのだった。 人気アニメ「蒼穹のファフナー」シリーズの新作「蒼穹のファフナー the beyond」の第7～9話が11月13日に劇場で先行上映されることが分かった。 ※下記曲は、究極CD-BOXでは歴代シリーズ群の「主題歌・挿入歌・イメージソング集」ディスクを新規に作成、そちらに収録。 ... 単独regもブドウ確率も足りないけど終日打ち切りで3500枚ゲット！ – ななプレス 『いまだ戦闘準備の整わない竜宮島は、ついに「僚達が厳しい戦いを強いられている頃、総士は一騎が付けた左目の傷が原因でファフナー搭乗が適わず、ジークフリード・システムの搭乗者を命じられる。仲間を前線に出す役割を負わせる父に反発し、L計画の承認も疑うが、公蔵は計画立案者でもある祐未の父が全員の生還を念頭に置いていたからこそ承認したと告げる。 公蔵を初めとした犠牲者を出した後、新たに司令となった洋治から自らの下で働くことを誘われ戸惑う一騎。しかし、考える間もなく基地内に侵入していたフェストゥムによって一騎は再び戦うこととなる。危機に陥る一騎を救ったのはミョルニアであった。彼女は洋治が開発したファフナー同じ頃、竜宮島のファフナーを手に入れるべく人類軍大佐ダッドリー・バーンズは狩谷と道生、道生の部下である少女パイロット人類軍とフェストゥムを退けてからしばらく、遠見一家とミツヒロの間で真矢のパイロット適正を巡る査問委員会、同化された甲洋の覚醒およびスレイブ型フェストゥムへの変化など事件はあったものの島は敵を退けながらも平和な時を過ごしていた。道生は5年ぶりに我が家に戻り、恋人の一方、ミツヒロは新たなザルヴァートル・モデル平和な時を過ごす中、史彦は敵の襲来に意図的なものを感じるが、ある日島の生態系に異変が起こる。突然花が咲き乱れ、多くの虫が溢れかえった。それから間もなく、突然島中の植物が枯れ、虫が死んでしまう。そして、咲良が同化現象の進行によって倒れてしまい、直後の戦闘では衛が命を落とし、剣司も恐怖に駆られて引きこもってしまう。これまでの敵はパイロットの同化現象を促すための犠牲、すなわちフェストゥムが犠牲という概念を理解し消耗戦を仕掛けてきた証であった。咲良が倒れて間もなく、カノンは島に自らの居場所を見出し、フェストゥムの因子を移植する。更に、人類軍ではミツヒロが開発したマークニヒトが狩谷諸共マスター型フェストゥム多くの犠牲を出した島は北極の最終作戦への参加を決定する。そこへミョルニアが現れ、総士の生存を告げる。それと同時に共鳴核となった紅音がこれまでの会話の末に得たデータの一部を提供する。その中には同化現象の緩和方法、洋治の設計思想に基づく機体の改良方法も含まれており、北極にある紅音の共鳴核には更に多くの回答があることを知る。機体を改良したアルヴィスは総士の奪還とデータの入手をするべく薬の投与を受けた一騎と真矢、因子が定着したカノン、母の死をきっかけに立ち直った剣司の四人に出撃を命ずる。北極の天候は快晴、それに因みそして、乙姫にも最後の時が近づいていた。竜宮島には島周囲の空気としてミールが存在していた。そのミールが生と死を誤った形で理解していたためにミール共々島が死んでしまうことを防ぐべく、乙姫は岩戸へ戻り、生と死の循環を教えるのだった。 『EXODUS』18話以降のEDで　海中に隠れている基地全体が浮上した状態の島の全貌が見える。 来歴. 2148年、島の平和は守られたはずだった。総士は存在が消滅しながらも、いつか竜宮島へ戻ると一騎と約束をした。少年少女たちは取り戻した平和の中、日々を生きていた。その中でお盆祭りが行われる日、島で初めての自然受胎で生まれた子少年の名は一騎達の後輩である戦いの中、芹はフェストゥムが「いたい。たすけて」と泣いていることを知り、慟哭する。そして、コアの負荷を軽減すべくミールの元へ帰った操は仲間の痛みと憎しみに苦しむ中、真壁紅音だったミョルニアに問われる。「お前はなぜそこにいる？」と。操は北極ミールが消滅した後に初めて存在することを望んだフェストゥムであった。しかし、操はその問いに答えることは出来ず、痛みを消すべく竜宮島との決戦を決意する。 IDでもっと便利に現在「蒼穹のファフナー THE BEYOND」のキービジュアル（C）XEBEC・FAFNER BEYOND PROJECT　人気アニメ「蒼穹のファフナー」シリーズの新作「蒼穹のファフナー THE BEYOND」の第7～9話が11月13日に劇場で先行上映されることが分かった。 2009年2月4日にはTV第1期本編全26話、スペシャル放映された『RIGHT OF LEFT』、各種映像特典を収録したDVD-BOXが12枚組で初回限定生産発売された。88Pのブックレット付き。『RIGHT OF LEFT』は前述した「完全版」を収録。2018年1月31日にはTV第2期本編全26話ほかイベントダイジェストなどの各種特典映像を収録した『EXODUS』BD-BOXが発売された。128Pのブックレット付き。 身体の99%を2010年12月16日から21日にかけて、『2011年12月7日から11日にかけて、『蒼穹のファフナー FACT AND RECOLLECTION』の再演がBIG TREE THEATERにて全9公演上演された2012年12月20日から30日にかけて、『全公演で舞台版キャスト・声優陣・angelaなどゲストによるアフタートークショーが開催された。

一騎達がペルセウス中隊のパイロット、そして、島でも変化が起こる。新たな島のコア彗たちの同化現象が深刻化し、島を脱出する人類とフェストゥム双方から攻撃を受け続け、絶望的な状況に立たされた一騎達はようやく島を目前にする。島の人々と再会出来ると喜ぶ一同だったが、人類軍とアザゼル型が現れてアイが命を落とし、劣勢に苦しむ一騎たち。しかし、美羽とエメリーに呼ばれた二代目・来主操とボレアリオスが救援に現れ、島も合流したことで形勢は一挙に逆転する。だが、その戦いの背後で人類軍はジョナサンとビリーを拘束し、真矢を拉致する。ダーウィン基地で新国連事務総長一方、合流を果たしたナレインは史彦に、世界樹を根付かせる新天地もまた第三アルヴィスであることを告げ、総士は真矢を奪還するべく行動を開始する。しかし、一騎は度重なる同化現象の負荷により昏睡状態に陥っていた。総士や溝口達はダーウィン基地に向かい、交渉の途中で生じたバーンズによるヘスター暗殺未遂、プロメテウスの蜂起による混乱に乗じて真矢を助け出す。混乱の中でコアに支配されたジョナサンはマークレゾンを奪い、わずかに残った自我で真矢達を見送る。ヘスターが基地を放棄した後、バーンズは解放され、新国連から独立した人類軍のトップに据えられる。同時に島では第三アルヴィス上陸に向けた動きが進められた。途中の戦闘で暉が犠牲になるも、竜宮島の祝福を受けた一騎が駆けつけ上陸は成功。島に帰還した総士や真矢を含めた第1世代のパイロットが成人式を迎えた後、コアに支配されたジョナサンと人類軍が接近していた。人の恐ろしさを学んだ子供達に史彦は同時に信じることを伝え、アルタイルと対話すべく記載に関しては『EXODUS』公式サイトのキャラクターリストにある人物を基準とした「海上に出ている「島」と町並み島の擁するコアが同化した、偽装鏡面圏内にある島の空気中に存在する瀬戸内海ミールによって環境が保たれている。当初は新国連及び人類軍からは「API-1」と呼ばれ、『EXODUS』からは島の名前を英訳した「『EXODUS』終盤の第四次蒼穹作戦においてコアたる織姫の判断により、新たに宇宙から飛来した純粋ミール・アルタイルと交渉するための、美羽やアショーカといった「力」が十分に成長するまで、島民はプランデルタで脱出させた上で竜宮島はアルタイルとともに海中に沈め封印させることとなった。最終的にそれらの作戦は自ら残った澄美、芹をともに封印する形とはなったものの成功、自動潜行モードによって海中に没していった。